上海海关学院前身为创建于1953年的上海海关学校;1980年5月，经国务院批准，升格为上海海关专科学校;1996年4月，原国家教委批准学院更名为上海海关高等专科学校;2007年3月，经教育部批准，设立上海海关学院，成为新设置的全日制普通高等学校，海关高等教育事业翻开了崭新的篇章;2011年获得学士学位授予权。2012年12月，被国务院学位委员会正式批准为“服务国家特殊需求人才培养项目”--学士学位授予单位开展培养专业硕士学位研究生的试点工作单位;2013年9月，首届税务专业硕士研究生入学，开始了专业硕士研究生培养。2014年11月学校通过教育部本科教学工作合格评估。2018年4月国务院学位委员会批准学院成为硕士学位授予单位和公共管理以及税务2个硕士专业学位授权点，海关管理专业成为世界海关组织PICARD标准认证专业。
学校现设有海关管理系、经济与工商管理系、法律系、外语系、基础部(思想政治理论部)等五个教学系(部);设置了海关管理、物流管理(口岸物流方向)、审计学、国际商务(国际关务方向)、税收学、法学(涉关法学方向)、英语(商务应用方向)等7个本科专业和税务硕士专业学位点，涵盖管理学、经济学、法学、文学等4个学科门类。其中，海关管理专业为国家控制布点特设专业，法学、税收学专业分别是教育部第二、三批高等学校特色专业建设点。目前全日制在校生2213人，其中本科生2137人、研究生76人。
学校的主要任务是立足海关、面向社会，培养符合海关事业和经济社会发展需要的应用型、复合型、涉外型的高素质海关管理专业人才以及服务口岸物流和国际商务的外经贸专业人才。并积极开展海关理论研究和国际交流。学校同时承担海关系统中、高级干部继续教育、知识更新和业务培训等任务;并根据世界海关组织(WCO)的分工和亚太区域国家和地区的要求，逐步承担该区域海关人员培训任务，履行相应的国际义务。
学校现有专任教师151人，其中教授16人，副教授48人，具有高级专业技术职务教师的比例为42.4%。具有博士学位教师65人、硕士学位教师71人，具有研究生学历教师的比例为90.1%。师资队伍结构合理，教学科研水平较高。学校设有海关管理研究所和海关法、海关风险管理、关税、海关公共关系、报关等研究中心，紧密结合海关改革发展和双边、多边、区域海关国际合作中面临的热点、难点问题开展科学研究。2009年，学校获准设立上海市社会科学创新研究基地、上海发展战略研究所工作室。公开出版学术期刊《海关与经贸研究》。
学校在传承海关行业办学传统、借鉴国内外名校办学经验基础上，逐步形成了“开放办学、内外兼修、专业合作、实践育人”的教育发展的基本理念，紧紧围绕学校的人才培养目标和规格，凸显爱党爱国的忠诚教育，把对党忠诚、政治立场坚定放在人才培养的首位;遵规守纪的养成教育，把准军事化管理贯穿于人才培养的全过程;开放融合的专业教育，把“大海关”育人理念渗透于人才培养的各环节;关校合作的实践教育，把海关行业办学的优势充分体现于应用型人才培养的各阶段。
学校始终坚持社会主义办学方向，全面贯彻党的教育方针，落实立德树人的根本任务，扎根中国大地、对标海关行业需求，围绕人才强校、关校合作、国际化三大发展战略，稳步推进各项事业发展;学校坚持立地顶天，依特做特，以特促强，走特色办学的内涵发展之路，努力把学生培养成：熟悉海关和外经贸物流法律法规及政策规定，精通业务规程，具有较强实践能力的应用型人才;掌握学科基础理论、专门知识和专业技能，具有独立处理海关和以关务为核心进出口贸易事务专门工作能力的复合型人才;通晓和掌握国际通行规则，具有国际视野和开展对外交流与合作能力的涉外型人才，为中国海关事业发展提供人才保障和智力支持，为建设海关特色鲜明、服务国家战略、具有国际影响力的一流高等学府而努力奋斗。
学校位于上海市浦东新区，占地面积521亩。按照教育部普通高等学校设置标准，学校建有现代化的教学楼、图书馆和先进的ATM校园网，教室都具备多媒体授课的条件;并建有数码阅览室、视听室、文娱活动综合楼、网球场、游泳馆、体育馆等配套设施，为学生营造一个良好的学习和生活环境。
